Espírito Jacobino
Ao invés de fazer uma política conciliadora e pacífica, Afonso Costa semeou discórdias e ódios numa altura em que o regime necessitava de estabilidade para se afirmar tanto interna como externamente. Com as medidas de Afonso Costa, rapidamente se criaram divisões no Partido Republicano entre radicais e conservadores.
No dia 24 de Dezembro de 1910 os prelados reuniram-se para analisar e discutir as leis anti-clericais publicadas pelo Governo Provisório. Elaboraram nessa reunião uma pastoral na qual, reconhecendo a autoridade do novo regime, alertavam a população para as possíveis consequências da legislação que o governo estava a colocar em prática. No entanto essa declaração fora feita sem a autorização do ministério da Justiça, razão mais que suficiente para Afonso Costa proibir a sua leitura, ameaçando demitir todos os bispos que não respeitassem as suas ordens. Contudo, alguns sacerdotes da diocese do Porto acabaram por ler a dita declaração, o que levou Afonso Costa a chamar o bispo do Porto, D. António Barroso a Lisboa.
Este foi recebido na capital com apupos e vaias vindo posteriormente a ser interrogado por Afonso Costa de uma forma fria e arrogante. Destituido do seu cargo, teve de passar a noite no Quartel General para escapar à fúria de alguns populares mais intransigentes que o acusavam de monárquico. Humilhado, o bispo do Porto, homem de grande bondade, passou a residir no Colégio das Missões em Cernache de Bonjardim.
Desde logo muitos políticos lamentaram a atitude de Afonso Costa, que apesar de homem de capacidades inegáveis e personalidade excepcional, tinha sido traído pelo seu ódio clerical que o impediu de ter uma postura mais racional.
O anti-clericalismo afonsino que culminou com a Lei da Separação não se baseou apenas num sentimento de ódio. Ela foi também uma estratégia política bem engendrada, para obter o apoio não só do proletariado, mas também da burguesia liberal. Se se falasse em socialismo Costa cativava o operariado, mas toda a burguesia fugia. Com uma política anti-clerical, não só cativava o proletariado, mas também a própria burguesia, que não abominavam o laicismo de Afonso Costa, bem pelo contrário, até nutriam uma certa simpatia pelos seus ideais. É óbvio que essa política ia suscitar ódios e rivalidades que criariam separações no país. Cego pelo ódio à Igreja, Afonso Costa não conseguiu olhar e apreender o País real, provocando um clima de instabilidade e desunião, já que as populações rurais, altamente influenciadas pela Igreja, não conseguiram comprender o porquê das suas medidas.
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